Szlak Męczeństwa Krajan ma długość około 28 kilometrów i oznaczony jest kolorem zielonym. Rozpoczyna się we wsi Jastrzębiec w gminie Więcbork, przy przystanku autobusowym. Dalej biegnie w stronę kompleksu leśnego, w który znajduje się cmentarz i kaplica-mauzoleum z 1948 roku, wzniesiona ku czci mieszkańców z Krajny i Borów Tucholskich zamordowanych jesienią 1939 roku przez okupantów niemieckich. To miejsce jest pierwszym punktem pamięci na trasie.
Następnie szlak kieruje się na południe, w stronę Karolewa. W tej miejscowości w czasie II wojny światowej znajdował się niemiecki obóz internowania i zagłady, którego ofiary (ekshumowane już po wojnie) zostały pochowane na spotkanym wcześniej cmentarzu. Te zachowane miejsca pamięci przypomina o tragicznych wydarzeniach z 1939 roku. Szlak przechodzi w pobliżu tego terenu, a następnie prowadzi przez malownicze pola w kierunku wsi Śmiłowo.
Kolejny odcinek prowadzi wzdłuż południowego brzegu Jeziora Śmiłowskiego i przez wieś Śmiłowo. Trasa jest tu spokojna, wiedzie drogami gruntowymi i leśnymi, z licznymi wzniesieniami morenowymi typowymi dla krajobrazu Krajny. Po opuszczeniu Śmiłowa wędrowiec dociera do Suchorączka, a dalej do Wysokiej Krajeńskiej – wsi położonej wśród pól i lasów, z których rozciągają się widoki na pagórkowaty teren okolicy.
Ostatni odcinek szlaku prowadzi w kierunku Sępólna Krajeńskiego, stolicy powiatu. Trasa kończy się w granicach miasta, gdzie znajduje się kilka miejsc pamięci związanych z okresem okupacji.
Cała trasa przebiega przez typowy krajobraz Pojezierza Krajeńskiego – tereny leśne, pola uprawne i niewielkie jeziora. Różnice wysokości sięgają około trzydziestu metrów, najwyższe punkty osiągają 160 m n.p.m. Przejście całego szlaku zajmuje średnio około 8 godzin marszu.
Szlak Męczeństwa Krajan ma charakter historyczno-edukacyjny. Łączy miejsca związane z wydarzeniami z lat II wojny światowej i przypomina o ofiarach ludności cywilnej regionu. Jednocześnie jest to interesująca trasa piesza o walorach krajobrazowych, możliwa do pokonania również rowerem terenowym.