Wieś Pęperzyn leży 5,5 km na południe od Więcborka. Jest jedną z najstarszych miejscowości gminy. Pierwsza wzmianka w źródłach pisanych pojawiła się w roku 1288. Wieś należała wtedy do arcybiskupa gnieźnieńskiego. Jednak już w początkach XIV wieku Pęperzyn stał się własnością szlachecką. Należał wraz z Więcborkiem i okolicami kolejno do rodów: Pęperzyńskich, Więcborskich, Zebrzydowskich, Garczyńskich i Smoszewskich, a w XVIII wieku – do Potulickich. W II połowie XVIII wieku Pęperzyn stał się jednym z najważniejszych ośrodków wiary luterańskiej na Krajnie. Znajdował się tu dom modlitwy, w którym nabożeństwa odprawiało dwóch pastorów. Po I rozbiorze Polski sytuacja luteranów jeszcze się poprawiła. Dopiero w połowie XIX wieku Pęperzyn zaczął tracić na znaczeniu – na rzecz coraz silniejszego i prężniejszego ośrodka społeczności ewangelickiej w Więcborku.
W 1821 roku hr. Kacper Potulicki sprzedał dobra więcborsko-sępoleńskie (z Pęperzynem) Bankowi Głównemu w Berlinie. Znajdujący się tu folwark został w późniejszych latach rozparcelowany na cztery mniejsze, czego pamiątką są jeszcze dziś osady: Pęperzyn II i III. Wieś jest siedzibą sołectwa. Z zabytków zachowały się: kościół z 1778r. oraz kilka budynków z końca XIX i pocz. XXw. W pobliżu wsi, nad Jeziorem Będgoskim znajduje się plaża, a nieco dalej „Stajnia Branicz” – ośrodek rekreacji konnej.
